Wielokrotne porównanie (post hoc) dla każdej grupy po dwóch ANOVA w R

głosy
0

Jestem bardzo nowe do R i potrzebuje pomocy coraz to zrobić analizę chcę. Mam dataframe takiego (uproszczony):

   Gene time      Expression
1    Gene1       W1  18.780294
2    Gene2       W1  13.932397
3    Gene3       W1  20.877093
4    Gene1       W2   9.291295
5    Gene2       W2  10.939570
6    Gene3       W2  12.236713
7    Gene1       W3  13.810722
8    Gene2       W3  23.944473
9    Gene3       W3  17.355429

Chcę wiedzieć, czy istnieje znacząca różnica między wartościami średnimi, „wyrażenie” dla genów (Gene 1, 2, 3) w każdym punkcie czasowym (Week1, W2, W3 ...). Na przykład, jestem zainteresowany, aby wiedzieć, czy w tygodniu 3 (W3) wyrażanie Gene1 jest znacząco inna niż Gene2 ja przeprowadziliśmy ANOVA i TukeyHSD

my_ANOVA = aov(Expression ~ Gene , data = my_Data)
summary(my_ANOVA)

my_posthoc =TukeyHSD(my_ANOVA, which = Gene) 
my_posthoc

wyniki są

  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = Expression ~ Gene, data = my_Data)

$Gene
                 diff       lwr      upr     p adj
Gene2-Gene1 2.3113763 -11.24096 15.86371 0.8631245
Gene3-Gene1 2.8623080 -10.69002 16.41464 0.8002795
Gene3-Gene2 0.5509317 -13.00140 14.10326 0.9914716

To daje mi całkowitą comparission z Gene1 do Gene2 dla całej osi czasu. Ale chcę wiedzieć, zwłaszcza jeśli w czasie W1, Gene1 i 2 diffrerent, albo co w czasie W3

Utwórz 10/10/2019 o 00:44
źródło użytkownik
W innych językach...                            


1 odpowiedzi

głosy
0

Jeśli po prostu chcesz podzielić dane o czasie i uruchomić analizę każdego oddzielnie, to jest całkiem proste, chociaż zestaw danych jest zbyt mała, aby produkować użytkowe wyniki:

my_Data.W <- split(my_Data, my_Data$time)
lapply(1:3, function(x) summary(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
lapply(1:3, function(x) TukeyHSD(aov(Expression~Gene, data=my_Data.W[[x]])))
Odpowiedział 10/10/2019 o 01:55
źródło użytkownik

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more