Tak. Facebook obsługuje aplikacje pulpitu, ale muszą przejść przez specjalny mechanizm uwierzytelniania. Zasadniczo, użytkownik będzie musiał być skierowany na facebooku przez okno przeglądarki internetowej jako część procesu uwierzytelniania.
Oto dokumentacja procesu uwierzytelniania: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Jest to stosunkowo polerowane biblioteki Java na facebooku tutaj: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Jeśli biblioteka Java powyżej nie spełnia Twoich potrzeb, można zbudować implementację na własną rękę. Zasadniczo trzeba będzie współdziałać z serwerem Facebook Reszta, jak to opisano w górnej części strony tutaj: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Po zrobieniu kilka badań mam jeszcze kilka środków w celu zapewnienia: Oto lista niektórych aplikacji napisanych przy użyciu języka Java na Facebooku:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
I jest nawet schludny aplikacja, która jest open source tutaj:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Powodzenia!